Image J

ImageJ（https://imagej.nih.gov/ij/ ）是美国NIH基于Java开发的**图像处理软件。今天的主题是共定位分析，那么什么是共定位（Colocalization）？从物理角度来看，它意味着两种或多种颜色荧光分子发出的颜色占据图像中的相同像素。在生物学上，共定位是指两个或多个不同分子位于细胞中的同一结构。 在数字成像的背景下，它可以被描述为多通道图像中的两种或更多荧光染料…

在之前的教程中，介绍了怎么对细胞核进行自动细胞计数：传送门 细胞核之间的重叠部分，可以利用Watershed进行打断。 但这种方法只适用于较规则的椭圆形，例如细胞核等。 如果遇到不规则的细胞，例如下图的细胞，如果想要对细胞之间进行分割，并测得细胞面积和数量，之前的方法就不再适应了。 荧光显微镜下的成纤维细胞 这篇文章会介绍一种对不规则细胞进行分割以及计数的方法。将单个细胞分割之后，可以测量单个细胞…

操作视频更新：传送门 对于生物狗和密集恐惧症患者来说，手动数细胞是一个极其无聊以及耗费精力的工作。 利用ImageJ进行自动细胞计数的工作流程（Workflow）： 一、自动细胞计数 1、打开想要处理的图像（File-Open，或者将图片直接拖动到菜单栏） 以一张DAPI免疫荧光染色照片为例 我们的目标是：自动对DAPI染色的细胞核进行计数，得到细胞核的总数。 2、将图像转为8-bit（Image…

荧光强度检测的基本原则： 标记了荧光的蛋白在哪里，就Measure哪里，尽可能少地包含背景和非蛋白表达的区域。 所以荧光强度检测的关键步骤，是得到蛋白表达区域的ROI。 之前介绍了最基本的平均荧光强度检测的方法，通过Threshold来选中蛋白表达的区域，从而去除背景： ImageJ实用技巧——平均荧光强度检测(定量分析篇) 而但在有些情况下，需要对表达在细胞膜上的蛋白进行定量，这就需要得到细胞膜…

荧光共定位分析(colocalization)，是一种重要的荧光分析方法。 它的本质其实就是分析不同荧光标记的蛋白（这两种荧光必须有独立的发射波长），在空间中的重叠，从而判断这两种蛋白是否处于同一区域，即在同一像素上是否“恰巧”出现了两种不同的荧光分子。 共定位分析能间接地说明两个蛋白与同一结构有联系，但不是两种蛋白有相互作用的直接证据。荧光偏振能量转移（FRET）是研究蛋白质之间相互作用的一种比…

荧光共定位分析(colocalization)，是一种重要的荧光分析方法。 它的本质其实就是分析不同荧光标记的蛋白（这两种荧光必须有独立的发射波长），在空间中的重叠，从而判断这两种蛋白是否处于同一区域，即在同一像素上是否“恰巧”出现了两种不同的荧光分子。 共定位分析能间接地说明两个蛋白与同一结构有联系，但不是两种蛋白有相互作用的直接证据。荧光偏振能量转移（FRET）是研究蛋白质之间相互作用的一种比…

免疫荧光染色是研究特异蛋白抗原在细胞内分布的一种常用实验技术，通过荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下对抗原进行细胞定位。 但免疫荧光的照片不仅仅可以做形态学分析，还能通过检测平均荧光强度，对特异性蛋白表达进行半定量分析。 在进行平均荧光强度检测之前，首先要清楚平均荧光强度的定义。 对于一张单通道（单色）的荧光图片，每个像素的灰度值代表了该点的荧光强度大小，特定区域的荧光强度公式： 平均荧光强度(Me…