ImageJ实用教程——细胞膜荧光强度检测(定量分析篇)

荧光强度检测的基本原则：

标记了荧光的蛋白在哪里，就Measure哪里，尽可能少地包含背景和非蛋白表达的区域。

所以荧光强度检测的关键步骤，是得到蛋白表达区域的ROI。

之前介绍了最基本的平均荧光强度检测的方法，通过Threshold来选中蛋白表达的区域，从而去除背景：

ImageJ实用技巧——平均荧光强度检测(定量分析篇)

而但在有些情况下，需要对表达在细胞膜上的蛋白进行定量，这就需要得到细胞膜的ROI。

这篇文章会介绍在无法用Threshold很好选择细胞膜的情况下，怎样获取细胞膜的ROI，从而实现对细胞膜荧光强度的检测。

以下图为例，分别统计两个细胞的细胞膜的荧光强度：

该问题的本质是分别得到中间两个细胞的细胞膜的ROI。

这里选择用MorphoLibJ这个插件进行分割：传送门

一、插件安装

1、打开更新页面（Help->Update...）

出现下面这个页面后，点击Manage update sites：

勾选IJPB-plugins：

然后点击Close、点击Apply changes。

2、重启ImageJ，即可在Plugins -> MorphoLibJ里找到该插件

二、细胞整体分割

打开图像，需要将图像格式转为8-bit或16-bit。

1、高斯模糊去噪（Process -> Filters -> Gaussian Blur）

这一步主要是去噪、平滑，对于后续的分割有很大帮助。

2、打开MorphoLibJ（Plugins -> MorphoLibJ -> Segmentation -> Morphological Segmentation）

出现插件界面，Input Image选择Border Image：

点击Run，获得默认参数下的分割结果：

这里会发现有细胞存在过分割现象，提高Tolerance可以避免该情况：

点击Create Image得到分割结果：

然后通过Wand tool分别选中两个细胞，然后通过Edit -> Selection -> Create Mask，得到二值化的图像：

三、获得细胞膜ROI

得到mask后：

1、打开Morphological Filters（Plugins -> MorphoLibJ -> Morphological Filters）

Operation选择Gradient，Radius根据细胞膜厚度条件，即可得到细胞膜的Mask：

2、通过细胞膜的Mask获取细胞膜的ROI（Edit -> Selection -> Create Selection）

并添加到ROI Manager中：

3、在原图上进行Measure

来自知乎专栏：Treasure琛