电泳介绍
带电颗粒在电场作用下,向着与其电性相反的电极移动,称为电泳(electrophoresis, EP)。利用带电粒子在电场中移动速度不同而达到分离的技术称为电泳技术。
核酸电泳是进行核酸研究的重要手段,是核酸探针、核酸扩增和序列分析等技术所不可或缺的组成部分。核酸电泳通常在琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶中进行,浓度不同的琼脂糖和聚丙烯酰胺可形成分子筛网孔大小不同的凝胶,可用于分离不同分子量的核酸片段。
电泳原理
主要利用DNA分子在琼脂糖凝胶中泳动时有电荷效应和分子筛效应。DNA分子在高于等电点的pH溶液中带负电荷,在电场中向正极移动。由于糖-磷酸骨架在结构上的重复性质,相同数量的双链DNA几乎具有等量的净电荷,因此它们能以同样的速率向正极方向移动。
琼脂糖凝胶具有网络结构,物质分子通过时会受到阻力,大分子物质在涌动时受到的阻力大,因此在凝胶电泳中,带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量,而且还取决于分子大小,所以就可用于分离不同分子量的核酸片段。
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降维叙述
将不同分子量核酸片段想象成胖瘦不同的人,由于等量的净电荷都是一样的,所以在没有障碍的情况下。跑到终点正极的时间相等。
现在我们加上障碍(琼脂糖凝胶)网络结构。瘦子通过网比胖子通过时间快。于是就会造成瘦子跑的快并且先到终点。体型一样的人都几乎速率一样。
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所以我安排几个称好体重人一起参加障碍跑步。就可以估算出人群区域内的体重。也就是核酸的分子量,由于糖-磷酸骨架在结构上的重复性质,也就知道所谓DNA链的长短。
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核酸电泳流程步骤
1、选择和制备凝胶
琼脂糖和聚丙烯酰胺是核酸分离中最常用的两种凝胶基质。两种材料都是三维基质,孔径大小适合核酸分离,且与样品间无反应。可通过改变基质的百分比来调整孔径大小,从而有效分离不同大小的核酸。
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2. 准备标准品和样品
a .核酸标准品选择
当运行凝胶时,含有已知大小的核酸参照样品通常被称为标准品、标记或 分子量标准,用于目的样品大小的估计。
b. 样品和标准品准备
须计算上样到凝胶中的DNA量,以确保目的条带良好分离,并用于可视化和检测。虽然用荧光染料足以检测1 - 100 ng/条带的DNA,但最小可检测量取决于 所用染料。注意,样品或标准品的超载会造成条带污点并遮盖附近条带,从而导致条带分辨不清,特别是片段大小相似时。
c .上样染料和缓冲液选择
制备凝胶电泳时,样品中添加了凝胶上样缓冲液 (通常是6X或10X的原液)。
3. 运行电泳
在凝胶、标准品和样品制备后,进行电泳。拆卸梳子和添加电泳缓冲液前,凝胶须完全凝固。凝胶梳 应平稳地向上提起,以免撕裂凝胶、扭曲胶孔。移除梳子和添加缓冲液后,注意清除孔里的气泡。对于聚丙烯酰胺凝胶,应用缓冲液彻底冲洗胶孔,以清除残留未聚合的丙烯酰胺。
水平凝胶应朝向凝胶盒,样品孔位于负极一侧,以便在电泳启动后,将样品移动至正电极侧。该方向可记为“跑向红色”,因为正电极通常为红色。垂直凝胶盒中,胶孔设计在顶部。
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4. 在凝胶中可视化样品
凝胶运行完成后,需对样品进行可视化分析。由于普通照明环境下,核酸不可见,因此需要一种可视化的检测方法。
5. 记录凝胶
可视化后,核酸凝胶通常被存档记录下来,用于记录和分析电泳结果。
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来源:测序人生